أثار قرار الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية، بتشكيل لجنة تقصى حقائق لجمع المعلومات والأدلة بشأن وقائع قتل والشروع فى قتل وإصابة المتظاهرين السلميين بكافة أنحاء الجمهورية خلال الفترة من 25 يناير 2011 وحتى تسليم السلطة فى 30 يونيو 2012، جدلاً قانونياً بين الخبراء حول مدى جواز العودة إلى وقائع تناولها القضاء. أكد المستشار فريد نصر، رئيس محكمة جنايات القاهرة، أنه لا يجوز العودة إلى وقائع تناولها القضاء، وأضاف أن المساس بالأحكام التى صدرت فى قضايا قتل المتظاهرين لا يكون إلا بالطعن عليها، وأكد أن الأحكام التى صدرت فى قضية قتل المتظاهرين هى عنوان الحقيقة. واختلف معه المستشار رفعت السيد، رئيس محكمة جنايات القاهرة الأسبق، مؤكدا أن رئيس الجمهورية من حقه تشكيل لجنة للبحث والتحرى عن الفاعل المجهول فى قضايا قتل المتظاهرين، خاصة أن أجهزة الأمن تقاعست عن أداء دورها فيها، مشيرا إلى أن الفاعل فى قتل المتظاهرين ما زال مجهولا، وأضاف أن الفاعلين الأصليين لموقعة الجمل لم يقدموا إلى المحاكمة، والرئيس السابق ووزير داخليته حبيب العادلى و6 من كبار مساعديه قُدموا بتهمة الامتناع عن وقف عمليات القتل للمتظاهرين، لكن الفاعل الحقيقى لم يحاكم. من جانبه قال الدكتور محمود كبيش عميد كلية الحقوق بجامعة القاهرة، عضو اللجنة المشكلة: «لسنا قضاء موازيا، واللجنة حريصة على استقلال القضاء، ولن تبحث فى أمور قضائية حسمت، ولكن ستبحث عن أدلة جديدة بالنسبة للأشخاص الذين سبق اتهامهم فى قضايا قتل المتظاهرين، وستقدمها لرئيس الجمهورية الذى بدوره سيحيلها للنيابة العامة». وكان الرئيس محمد مرسى قد أصدر قراراً جمهورياً أمس الأول، بتشكيل لجنة لجمع المعلومات والأدلة وتقصى الحقائق، بشأن وقائع قتل وشروع فى قتل وإصابة المتظاهرين السلميين، بعضوية مستشارين وممثلين للمخابرات والداخلية وأهالى الشهداء وشباب الثورة وحقوقيين.