أقام مركز " التقاضى للإصلاح السياسى " دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى ، لإلغاء قرارات العفو الصادرة فى عهد الرئيس المعزول محمد مرسى عن المتهمين فى قضايا الإرهاب . وتطالب الدعوى بوإلزام وزارة الداخلية بتحديد هؤلاء المتهمين ،مع ما يترتب على ذلك من أثار أخصها القبض على هؤلاء المتهمين وإيداعهم السجون ، واختصمت الدعوى كل من رئيس الجمهورية المؤقت ووزيري الداخلية والعدل. وأوضحت الدعوى التي حملت رقم 73051 لسنة 67 ق أن قرارت العفو التى أصدرها الرئيس المعزول عن المحكوم عليهم من مختلف التيارات الإسلامية فى قضايا تمس الأمن القومى للبلاد والغير مسبوقه اثارت جدلا واسعا، حيث أصدر قرارات العفو أرقام 57 ، 58 ، 75 ، 155 ، 157 لسنة 2012. وأشارت إلى ان العفو يستخدم عندما تكون الجريمة ذات طابع سياسي والمجتمع لا ينظر إليها علي أنها جريمة، لكن جرائم القتل والمخدرات والاعتداء علي أمن الدولة لا يمكن أن يصدر بحقها عفواً رئاسياً،إلا أن قرارات العفو التي أصدرها الرئيس المعزول لم تكن في الإطار المرسوم للعفو وهذا سبب أدعى لإلغائها . وطالبت الدعوى الرئيس المؤقت عدلى منصور بإلغاء تلك القرارت حفاظا على الأمن القومي.
