مع تراجع العمل النقابي المصري في الشركات والهيئات وعدم قيامه بدوره الخدمي لصالح غالبية العمال المصريين بدأ التفكير من قبل بعض القيادات العمالية في تكوين كيانات نقابية بشكل مستقل عن الاتحاد العام لعمال مصر , اعتمادا علي فكرة التعدد النقابي داخل المؤسسة الواحدة.. ولكن الفكرة رغم حداثتها إلا أنها لاقت قبولا كبيرا نظرا لأن هذا التعدد ربما يحدث من المشكلات ما يعوق تنفيذ مطالب العمال ذاتها نتيجة الصراع الذي قد ينشأ بين الجهتين اللتين تعبران عن العمال. وسوف نناقش تلك المشكلة التي ظهرت بوادرها علي الساحة العمالية والسياسية في السنوات الخمس الاخيرة من حكم ومبارك, ثم اتسعت وتشعبت في العامين الأخيرين من عمر الثورة, فقد أدي وجود النقابات المستقلة إلي صراع بين جهازين نقابيين أحدهما رسمي والآخر غير رسمي,فهل تمثل وجود النقابات المستقلة حقيقة قانونية علي الأرض أم انها مجرد تجربة قد تفشل فشلا ذريعا.. الأهرام المسائي التقت ببعض المؤيدين لفكرة قانونية تلك النقابات, وفي ذلك يقول جمعة صرصار أمين الحزب الاشتراكي المصري: ان النقابات المستقلة هي شيء جديد أفرزته الثورة وهذا اظهر ان هناك اتفاقية وقعت عليها مصر عام1948م بخصوص الحريات النقابية ولكن اتحاد عمال مصر الحكومي أخفي هذه الاتفاقية عن النقابيين وبالتالي اصبحت كل النقابات العمالية في مصر مسيسة وتابعة للنظام وكان أمن الدولة يتدخل في تشكيلاتها وبذلك ضاعت حقوق عمال مصر لعدم وجود ممثلين حقيقيين للعمال وكنا نناضل من أجل انتزاع حقوق العمال وكنا نصطدم بالنقابيين وعملاء النظام. وعندما قامت الثورة ظهرت علي السطح الإتفاقية الدولية التي وقعت عليها مصر عام1948 م بشأن الحريات النقابية وتم تأسيس العديد من اللجان النقابية المستقلة بالإسكندرية بلغ عددها حتي الآن110 نقابات مستقلة, ولكن هذه اللجان النقابية تواجه في شركاتها حربا ضروسا من اللجنة النقابية الموجودة في الشركة والتي تتبع أساسا النظام السابق ومجالس إدارات الشركات الفاسدة وبالتالي أصبح دورها مهمشا لعدم استجابة وزير القوي العاملة لهذه اللجان النقابية المستقلة وهو لا يريد الاعتراف بها ويعمل دائما علي إجهاضها, ومن هذه اللجان النقابية المستقلة بالإسكندرية تم تشكيل اتحادين للنقابات المستقلة احدهما يسمي: الاتحاد الاقليمي للنقابات المستقلة والثاني: اتحاد النقابات المستقلة بالإسكندرية. وأضاف صرصار أن القانون الذي افرزه مجلس الشعب المنحل للجان النقابية هو قانون عاجز تماما وخال من الحريات النقابية والأمل في إعادة صياغة قانون جديد للنقابات العمالية والمستقلة يكون قادرا علي انتزاع حقوق عمال مصر. أما جمال كامل أمين ائتلاف عمال الاسكندرية فيقول: إن النقابات المستقلة تدافع عن حقوق العمال بينما النقابات الحكومية كانت ضد العمال دائما وأبدا والنقابات المستقلة هي التي ثبت أنها تمثل العمال نظرا لأن الأمن لا يؤثر عليها. وأضاف كامل أن مشروع قانون الحريات النقابية أسسه الدكتور برعي وزير القوي العاملة الأسبق وكان يرعي النقابات المستقلة, وظهور النقابات المستقلة بهذا الكم ظاهرة صحية لأن دورها هو الدفاع عن حقوق العمال المطحونين ضد مجلس الإدارة طبقا لقانون النقابات. واستطرد قائلا: إن الوزير خالد الأزهري كان يشجع النقابات المستقلة قبل أن يصبح وزيرا والآن هو ضد النقابات المستقلة. ومن جانبه يؤكد الشوادفي العرابي رئيس نقابة مستقلة أن حرية تشكيل النقابات كان من المفترض أن تكون هناك ضوابط وآليات تساعدنا علي الاستمرار لكن كل واحد لم شلته وعمل نقابة مشيرا إلي أن النظام الحالي لايؤيد النقابات المستقلة وأضاف العرابي أن الاتحاد العمالي في تونس قام بثورة وفي مصر لم يستطع الاتحاد العمالي أن يوقف برنامج الخصخصة.