تشهد الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا استعدادات هامة للبدء فى إجراءات المرحلة الثانية من مشروع إنشائها بالشراكة مع الجانب اليابانى، حيث تمت مراسم التوقيع على محضر مناقشات المرحلة الثانية لاستكمال الجامعة بوزارة التعليم العالى والذى يؤكد التزامات الجانبين المصرى واليابانى تجاه المرحلة الثانية للجامعة لخمسة أعوام تمتد من 2013 حتى 2018، وهى المرحلة التى من المتوقع أن تشهد افتتاح مرحلة البكالوريوس، اعتبارًا من العام الدراسى 2016-2017 عقب الانتهاء من إنشاء المقر الدائم للجامعة. حيث تقدم الدكتور أحمد بهاء الدين خيرى رئيس للجامعة باستقالته لرئيس مجلس الأمناء الدكتور يسرى الجمل، وفق ما تقتضيه لوائح الجامعة لقبولها من قبل مجلس أمناء الجامعة. مكتفيًا بهذا القدر من العمل والجهد لبناء الجامعة وأن يترك الساحة لقيادة جديدة لكى تحمل لواء استكمال المسيرة بعد أن قدم جهوده المضنية في خدمة هذا المشروع منذ إنشائه في 2007 حتى تاريخنا هذا. وأوضح بيان صادر عن الجامعة اليوم الثلاثاء، أنه جار استكمال الإجراءات الخاصة بقبول الاستقالة والبدء في فتح باب الترشح لاختيار الرئيس الجديد وفق لوائح مجلس الامناء وبشفافية مطلقة، حيث يتم الإعلان عن خلو منصب رئيس الجامعة وفتح باب التقدم لمنصب الرئيس الجديد للجامعة والبدء في إجراءات اختيار أفضل المتقدمين المستوفيين لشروط هذا المنصب أكاديميًا وعلميًا وإداريًا من خلال مجلس أمناء الجامعة لتنتهى قبل بداية العام المالى 2014-2015. وأضاف البيان: إنه طبقًا للوائح مجلس أمناء الجامعة تولي– النائب الأول لرئيس الجامعة- الدكتور أحمد أبو أسماعيل مهام رئيس الجامعة بصفة مؤقتة لحين تعيين الرئيس الجديد للجامعة. ومن المستهدف البدء في هذه الإجراءات في أقرب فرصة وذلك لعرض وإقرار ما تم إنجازه في هذا الصدد قبل حلول موعد انعقاد الدورة التاسعة لمجلس أمناء الجامعة المقرر عقدها في بداية مارس المقبل. جدير بالإشارة أن مجلس الأمناء هو الجهة الحاكمة للجامعة وفق ما جاء في الاتفاقية الثنائية المنشئة للجامعة والموقعة بين حكومتى مصر واليابان حيث يتكون من خمسة عشر عضوًا نصفهم من مصر والنصف الآخر من اليابان ومن بينهم ثلاثة أعضاء ممثلين عن وزارات التعليم العالى والتعاون الدولى والخارجية المصرية.