قال الدكتور حسام عيسى، وزير التعليم العالي، إنه لا يعرف تفاصيل أزمة ملف جامعة النيل بشكل كامل، مشيرًا إلى أنه لو هناك حكم قضائي لنفذه على الفور قائلًا: "الله أكبر ومن أنا لأحول دون تنفيذ حكم قضائي". وأوضح عيسى خلال مداخلة مع برنامج "الحياة اليوم"، المذاع على فضائية "الحياة"، أن حكومة الدكتو حازم الببلاوي ليست حكومة تسيير أعمال وإنما هي حكومة لإعادة بناء المؤسسات التي هدمها نظام جماعة "الإخوان المسلمين". ولفت عيسى إلى أنه يتابع ما يقوم به عناصر جماعة "الإخوان المسلمين"، عن كسب، موضحًا أنه يدعوا الجماعة للمصالحة الوطنية وأن الجماعة إذا ما لجأت لفكرة العنف المسلح فإن نهايتها ستكون الخروج من الحياة السياسية المصرية بشكل نهائي. وأضاف: "لا يمكن لفصيل سياسي يريد خوض غمار الحياة السياسية أن يحارب شعبه وأن يقاتل جيشه"، مشيرًا إلى أن ما قام به الإخوان محاولة لإرباك المشهد السياسي المصري. وعن الإجراءات الحاسمة التي ينوي عيسى اتخاذها بصفته وزيرًا للتعليم العالي، اختتم بالقول: "أنا استاذ جامعي ولا وكرست حياتي من أجل استقلال الجامعة ولكن هناك ملفات لا أعلم تفاصيلها وهناك مساعدين لابد أن أجتمع بهم قبل اتخاذ أي قرار"، مطالبا بإعطائه بعض الوقت لمدة عدة أيام لدراسة هذه الملفات الشائكة.