قال الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف إن الأزهر لا يتدخل في بناء الكنائس، معتبرا أن بناء دور العبادة لا يحتاج إلى قانون من الأصل، والاسلام ليس ضد الكنائس. وأضاف شيخ الأزهر: "أقول معلومة لإخواننا الذين يتصدرون بالفتاوي أن الرسول صلوات الله عليه كان يقول إنه لم يؤذن بالقتال حتي نزلت الآية التي تأذن بالقتال، بسبب الظلم وللدفاع عن المساجد والكنائس، لأنها يتلي فيها اسم الله". وأقول للذين يتكلموا عن الفتوي عليهم مراجعة فقه الرازي والقرطبي والتفاسير كلها، حيث توضح لماذا أدرج الله الكنائس وبيوت العبادة كلها مع المساجد في خطة دفاع المسلمين، وهذا لأنها بيوت عبادة يتلي فيها اسم الله. لا أخفي أن هناك في بعض الأحوال وجود مضايقات من الحكام مثل الحاكم بأمر الله، والذي ضايق المسلمين والمسحيين علي حد سواء، لكن عرف عنه مضايقاته للمسيحيين بشكل خاص، وشيئا فشيئا أصبح الأمر يتوارث. وقال الطيب: "أنا من الذين يرون أن بناء مسجد أمام كنيسة هذا تضييق علي المسيحيين والعكس صحيح، لأنه يزعجهم وربما هم يريدون الحديث عن عقيدتهم، وهو رأي شخصي مبني علي التراث الإسلامي، الذي ينادي بعدم التتضييق، وهو عبث بالعبادة وبدور العبادة. وأعتقد أن الإسلام لا يرضاه، وليبني الاثنين بعيدا عن بعض. وليس المطلوب مني أن أطفئ دور الكنيسة بل علي العكس القرآن طلب مني حماية الكنائس والدفاع عنها في حال تعرضها للاعتداء". وتعليقا على تصريحات بابا الفاتيكان قال شيخ الأزهر: "تعودنا من قداسة بابا الفاتيكان أن يقول إن المسلمين لم يفهموا خطابه، لكن ما حدث الآن لا يمكن تجاهله تماما، وهو أن بابا الفاتيكان لا ينشط ولا ينزعج أمام الأنهار التي تسيل من دماء المسلمين، لكنه ينزعج عندما تتصل من قريب أو من بعيد بالمسيحيين، وهو ليس بدوره كرجل دين عالمي عليه أن يخاطب بالسلام للجميع. لا يعقل أنه كلما تكلمنا عن أنفسنا أن يفهم ذلك في الغرب بنوع من العداء، ونحن كأزهر نرفض كلام بابا الفاتيكان تماما ونحن نريد للمسلمين والمسيحيين في العالم كله وأيضا اليهود غير الصهاينة، نريد لكل الهؤلاء السلام، وهو متحقق في أوروبا وأمريكا، لكنه يضرب الآن في منطقة الشرق الأوسط. وفي هذا الجو كنا نتوقع ونتمني أن يكون صوت قداسة بابا روما صوت سلام للجميع وليس تصوير الأمر علي أنه حماية المسيحيين من المسلمين، وهو كلام غير صحيح ولا ينم عن واقع الأمر ولا عن علاقة الأقباط والمسلمين في مصر. البابا شنودة معنا، وقلت في أوروبا إن المسيحية الأصيلة لدينا في الشرق. الذي أنتج الارهاب هو الغرب، وهو الذي يكيل بمكيالين في التعامل مع المسلمين وغيرهم.