شهدت الجلسة المسائية للجمعية التأسيسية لإعداد الدستور الجديد، جدلًا واسعًا أثناء مناقشة واحدة من المواد الخلافية المتعلقة بمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، حيث ذهب فريق إلى أهمية الإبقاء على هذه المادة، نظرًا للظروف الحالية التى تمر بها البلاد، فيما رفض جانب من الأعضاء السماح بذلك، على أساس أن محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، واحدة من الأسباب التى قامت من أجلها الثورة، كما أن محاكمة المواطنين لابد أن تكون أمام القضاء المدني. كان المستشار حسام الغريانى، رئيس الجمعية التأسيسية، قد أشار إلى أنه لابد من الحفاظ على أمن القوات المسلحة، وكل دول العالم لديها قوات مسلحة، وهناك عدة أنماط من القضاء العسكرى منها من يأخذ بضم عدد من القضاه المدنيين إلى القضاء العسكرى وآخر يقصر القضاء العسكرى على قضاه عسكريين فقط. وعرض المستشار حسام الغريانى الدور الذى لعبه القضاء العسكرى خلال الفترة التى أعقبت ثورة 25 يناير، والتى غابت فيها الشرطة وأغلقت فيه المحاكم بالجنازير، وأيده فى ذلك عدد من أعضاء التأسيسية الذين طالبوا بالإبقاء على ذلك على أن يترك للمشرع أن يحدد الأشخاص والحالات التى تسمح بمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري. من جانبه أكد الدكتور عصام العريان، القيادي البارز بحزب الحرية والعدالة، أن العهد الديمقراطى وإطلاق الحريات وحماية حقوق الإنسان، تدعونا إلى حظر محاكمة المدنيين تماما أمام القضاء العسكري، مشيرًا إلى أن القاضى الطبيعى من شأنه أن يتصدى وفقًا للقانون لمحاكمة المدنى ممن يرتكب جريمه تتعلق بالقوات المسلحة. وقال اللواء ممدوح شاهين، ممثل القوات المسلحة فى الجمعية، "لا نريد محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري"، مشيرًا إلى أننا نواجه نوعية جديدة من الجرائم التى ترتكب ضد أفراد القوات المسلحة ومعداتها، مشيرا إلى أن "هناك عددًا ممن ارتكبوا جرائم ضد القوات المسلحة وعند إحالتهم إلى النيابة المدنية تم إخلاء سبيلهم". وانتقد شاهين، أحد أعضاء الجمعية التأسيسية الذين طالبوا بمنع بمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، قائلا: "إننا لا نريد مدنيين يتم محاكمتهم أمام القضاء العسكري.. هل المهم هو مصلحة "المدني" أم المصلحة العامة وأمن الدولة"؟ وأضاف أن رئيس وزراء بريطانيا عندما قام المتظاهرون بالهجوم علي المنشآت، قال هل المهم هو الحفاظ علي حقوق الإنسان أم الحفاظ علي أمن بريطانيا، وأجاب أمن بريطانيا فوق حقوق الإنسان. وقال اللواء شاهين إن القضاء العسكري حمي البلد من البلطجية طوال فترة الثورة، وصاح شاهين قائلا: من الأفضل أن تلغوا القضاء العسكري لو مش عايزين تحاكموا مدنيين أمامه. وأضاف، أن المدنيين الذين يهاجمون أفراد من القوات المسلحة ثم تقوم النيابة المدنية بصرفهم يؤدي لخفض معنويات القوات المسلحة. كان عدد كبير من أعضاء التأسيسية أثناء مناقشة المادة رقم 199 الخاصة بالقضاء العسكري قد طالبوا بإلغاء محاكمة المدنيين تمامًا أمام القضاء العسكري ومنهم عصام العريان ومحمد علي بشر ومحمد الصاوي وحاتم عزام.
