قال الرئيس الدكتور محمد مرسي تعقيبا على حادث قطار أسيوط، " تابعت وبكل الأسى والحزن منذ الصباح الباكر ما وقع صباح اليوم من حادث اليم، وبالأصالة عن نفسي وبالنيابة عن الشعب المصري كله أتقدم بخالص العزاء والمواساة لأسر وأبناء الضحايا والمصابين في هذا الحادث الأليم". وأضاف في تغريدات على صفحته على موقع "تويتر" قبل قليل: " قررت الآتي: قبول استقالة وزير النقل ورئيس هيئة السكة الحديد، تحويل المسئولين إلى النيابة العامة للتحقيق وسرعة الانجاز في التحقيقات لمعرفة المتسبب في هذا الحادث الأليم، واتخاذ كافة الإجراءات من جميع الجهات التنفيذية المعنية لتعويض أسر الضحايا والمصابين وتذليل كافة العقبات لهم". وأكد مرسي أنه "سوف يحاسب المسئول عن هذا الحادث، وكلفت رئيس الوزراء بالتحرك إلى موقع الحادث واتخاذ اللازم، سوف يحاسب المسئول عن هذا الحادث".