جاء اختيار سمير مرقص كمساعد لرئيس الجمهورية لملف التحول الديمقراطي الجدل لاعتباره أول مساعد مسيحي الديانة لرئيس الجمهورية ونلقي خلال السطور القادمة الضوء على شخص هذا الرجل. فمرقص هو باحث ومفكر في شئون المواطنة، كان رأيه في جماعة الإخوان المسلمون حين اقتربوا من الحكم في جولة الإعادة من الانتخابات الرئاسية إنهم يرون أن فوزهم بكرسي الرئاسة فرصة لاينبغي أن تفلت منهم بأي حال من الأحوال وكأنهم سيفوزون بالرئاسة للأبد ولايوجد اعتبارات لتداول السلطة، كما انتقدهم وقتها بأنهم يروجون لمرشحهم بأنه مرشح الثورة وهو موقف متذبذب فأحيانا يبدو وكأنهم مع الثورة قلبا وقالبا وأحيانا يبقون ضدها وإلا فأين كانوا حين تعرض شباب الثورة للقتل في أحداث محمد محمود ومجلس الوزراء. سمير مرقص لايوجد خلاف عليه كنسيا وشعبيا فله تاريخ كفاح في المطالبة بالمواطنة الحقيقية، وكان علي رأس الأسماء التي رشحتها الكنيسة والرموز القبطية ضمنيا لتتولي منصبا في الهيكل الرئاسي، حيث استطاع عبر كل مراحل احتكاك الكنيسة مع مختلف مؤسسات الدولة أن يحافظ علي الوسطية والاعتدال وإرضاء معظم الأطراف. وكانت أهم مؤلفاته : "هموم الشباب القبطي "، "الشأن القبطي من منظور المواطنة"، "لا إصلاح بدون مواطنة "، "المواطنة التزام مسيحي "، "المواطنة في الخبرتين المصرية والغربية والإمبراطورية الأمريكية: ثلاثية الثروة والدين والقوة " و "المحافظون الجدد في أمريكا: الخلفية الأيدلوجية والمسيرة التاريخية والتأثير السياسىي". مرقص عمل رئيس مجلس أمناء مؤسسة المصري لدراسة المواطنة وثقافة الحوار، وكذلك عضوا للهيئة الاستشارية لبرنامج حوارات الحضارات في كلية الاقتصاد والعلوم السياسية بجامعة القاهرة، كما كان مستشاراً لمركز الفسطاط للدراسات، وعضو مؤسس للفريق العربى للحوار الإسلامي المسيحي. كما أسس مرقص المركز القبطي للدراسات الاجتماعية ووحدة المواطنة بأسقفية الخدمات بالكنيسة الأرثوذكسية كما أدار المركز وعمل كمستشاراً له، وحصل على جائزة الأكاديمية النرويجية للآداب وحرية التعبير 2004 وحصل على دبلومة الأكاديمية النرويجية للآداب وحرية التعبير.
