تمتلك محافظة البحر الأحمر عددًا كبيرًا من المساجد التي يتوافد عليها السائحون من مختلف أنحاء العالم، وأصبحت لها شهرة عالمية وعربية، من أشهرها مسجد الميناء الكبير، ومسجد الشهيد عبد المنعم رياض، ومسجد الدهار الكبير بمدينة الغردقة، ومن أهم وأشهر المساجد في البحر الأحمر مسجد العارف بالله أبوالحسن الشاذلى بمدينة مرسي علم، ومسجد السمان بمدينة القصير جنوب المحافظة. مسجد العارف بالله أبوالحسن الشاذلى، يقع في مدينة مرسي علم، وينتمى "أبوالحسن" فى نسبه من أمه وأبيه لسيدنا محمد صلى الله عليه وسلم، وهو خال القطب النورانى إبراهيم الدسوقى القرشى. شارك فى الحروب ضد الصليبين أثناء وجوده بالمنصورة، وقدم إلى الاسكندرية ودمنهور وجلس يدرس فى مسجد العطارين، وتتلمذ على يديه أكبر علماء عصره من بينهم العزيز بن عبد السلام، الذي كان كفيف البصر منحنى الهامة من شدة انكساره لله تعالى. خرج من الإسكندرية للحج وزيارة جده المصطفى على حمارته، وسلك أصعب طريق حتى سال الدم من ظهره، وفاضت روحه وهو على جبل "حميثرة" قبل وصوله إلى مكة بثلاث ساعات، ودفن فيها. يتوافد على مسجده بمدينة مرسي علم، الآلاف من مريديه ومحبيه من مختلف الدول العربية والإسلامية خاصة خلال الاحتفال بمولده بقرية "حميثرة " جنوب مدينة مرسى علم، ويعتبر مسجد أبوالحسن الشاذلى من أشهر وأقدم المساجد بمحافظة البحر الأحمر. وعلى شاطئ البحر مباشرة، وبجوار ميناء الغردقة البحرى، يقع مسجد الميناء الكبير، والذى أصبح منذ افتتاحه قبلة للسائحين من مختلف انحاء العالم، وهو أول مزار سياحى إسلامى بمدينة الغردقة، خاصة بعد افتتاح مركز الدعوة الإسلامية بالمسجد. ويستقبل المسجد آلاف السائحين يوميًا لزيارة معالمه، والاستماع إلى دروس دينية عن سماحة الإسلام من علماء متخصصين بمختلف لغات العالم، كما يحتوى المسجد على مكتبة كبيرة بها العديد من الكتب الإسلامية التى يحصل عليها السائحون بالمجان بعدة لغات. ويقول حسين الطاهر "مرشد سياحى" إن زيارة معالم المسجد أصبح يوضع فى بداية جدول برامج الزيارات للسائحين بمختلف الشركات، موضحًا أن معظم السائحين يحرصون على زيارة المسجد وتفقد معالمه خاصة مع التصميم المعمارى للمسجد الذى يجذب انتباه الزوار. وأضاف أن السائحين يحرصون على اتباع تعاليم الدين الإسلامي الحنيف أثناء زيارتهم للمسجد بل يحرص الكثير من السائحات على ارتداء زي إسلامي أثناء الزيارة. من جانبه قال الشيخ رفعت ثابت وكيل وزارة الأوقاف بالبحر الأحمر، إنه تم إنشاء مركز للدعوة بالمسجد وذلك بهدف تعريف السائحين بسماحة الإسلام وأخلاقياته ومناهجه المستنيرة، مشيرًا إلى أن المركز يحتوى على مكتبة متنقلة، وكتيبات توزع بالمجان على السائحين بمختلف لغات العالم، كما يوجد بالمركز شاشات عرض وصالة كبرى لاستقبال السائحين، وشهد المسجد دخول أكثر من 50 سائحًا أجنبيا الإسلام بعد ارتيادهم للمسجد عدة مرات واقتناعهم بالدين الاسلامى. وأشار وكيل وزارة الأوقاف بالبحر الأحمر، إلى أن المحافظة بها حوالي 380 مسجدًا بمختلف مدن المحافظة، أشهرها مسجد الميناء الكبير بالغردقة، وأبوالحسن الشاذلى، بمرسى علم، والسمان، والتقوى بمدينة القصير.
وأشاد اللواء أحمد عبد الله محافظ البحر الأحمر، بالدور الذى يلعبه مسجد الميناء الكبير بالغردقة والقائمون عليه، فى نشر الدين الإسلامى الوسطى وتصحيح المفاهيم الخاطئة لدى بعض الأوروبيين عن الدين الإسلامى، مشيرًا إلى أن المسجد بلغت تكلفته أكثر من 25 مليون جنيه من المحافظة ووزارة الأوقاف ومساهمات أهالى البحر الأحمر. أقيم مسجد الميناء الكبير على مساحة 8 آلاف متر ويقع على البحر مباشرة ويتسع لحوالى 10 آلاف مصلى، ويضم مئذنتين شاهقتين، و25 قبة، وقاعة للمناسبات وأخرى للمحاضرات، واستغرق بناء المسجد أكثر من 5 سنوات إلى أن تم افتتاحه منذ أكثر من 5 أعوام. .