أكد المتخصصون في الشأن السوداني أن انفصال الجنوب لايعد نهاية المطاف بل بداية سلسلة من المشكلات تنعكس سلبا علي السودان والقارة الافريقية بأكملها مطالبين بضرورة تغيير دستور الشمال لمراعاة حقوق الاقلية, والتقسيم العادل للسلطة والثروة تجنبا لإنفصالات جديدة هناك, وفتح المجال لمشاركة القوي السياسية بالشمال لحل مشكلة دارفور وغيرها من الصراعات والتي تعد فتيل حرب قابلا للإشتعال في اي لحظة. ومن جانبة أكد السفير أحمد حجاج, أمين عام الجمعية الإفريقية ان علي الأحزاب الشمالية ان تتجة نحو مشروعات التنمية بدلا من التنابذ والقيام بعمليات عصيان أو محاولات إسقاط الحكومة ومؤسسات الدولة. وطالب الشماليين والجنوبيين بعدم تبادل التهم حول مسئولية اللجوء لخيار الإنفصال والانتباه إلي أن كلا منهما يحتاج للآخر علي المستوي السياسي والاقتصادي. وأكد ان مصر سعت لوحدة السودان وقدمت العديد من الاقتراحات بهذا الشأن لكن مادام الشماليون والجنوبيون إرتضوا نتائج الإستفتاء مهما كانت فلايمكن لمصر ان تعترض علي ذلك. وأكد ان علاقات مصر طيبة مع جنوب السودان حيث ان معظم الوزراء هناك تخرجوا في الجامعات المصرية كما أن القاهرة من أوائل الدول التي قامت بتنفيذ مشروعات تنمية بالجنوب. ويقترح الدكتور حسين مراد رئيس مركز الدراسات السودانية بمعهد البحوث والدراسات الإفريقية ضرورة إشراك القوي السياسية في الشمال في الحكومة وفي صنع القرار لحل مشكلة دارفور وجنوب كردفان وأبيي وغيرها من الأزمات لتهدئة الاوضاع وتجنبا لإنفصالات جديدة. ويشير الدكتور حسن نجيلة, رئيس مركز أفريقيا للتنمية والسلام إلي أن اليمين المتطرف في الولاياتالمتحدة دعم بقوة إنفصال جنوب السودان. وتوقع ان تتم بلقنة جمهورية السودان لتصبح6 دول طالما يصر المؤتمر الوطني علي إتباع سياسة التعنت والإستعلاء مع المواطنين الذين يعانون من الظلم والتهميش.. وتشير الدكتورة إجلال رأفت, أستاذ العلوم السياسية بكلية الإقتصاد والعلوم السياسية مدير برنامج الدراسات المصرية الأفريقية, الي ان إستفتاء أبيي قنبلة موقوتة فلو لم يتم إيجاد حل له فمن الممكن ان يسبب حربا أهلية لاتنتهي تمتد علي طول الحدود الشماليةوالجنوبية. وأضافت ان كل الحلول التي طرحت رفضت من الجانبين ولاتعدو كونها مهدئات للموقف ولم يظهر حتي الان للمهتمين بالشأن السوداني احتمال ظهور حل توافقي للمشكلة.