أثارت تصريحات الشيخ احمد المحلاوي خطيب وإمام مسجد القائد ابراهيم بالإسكندرية التي قال فيها إن الرئيس محمد مرسي هو أول رئيس منتخب بشكل حقيقي في مصر وطاعته واجبة ردود فعل واسعة في الاوساط السياسية, ما بين مؤيدة ومعارضة لها. فقد أكد الناشط الحقوقي جمال عيد عبر حسابه علي تويتر أنه حين يتدخل رجل الدين بالسياسة, فعليه تحمل النقد, والنقد الجارح, أو ينأي بنفسه عن السياسة, مؤكدا أنه لا قدسية لرأي او موقف سياسي, أو منافق. وقال عيد إن بعض علماء الدين يبايعون مرسي الان كما بايعوا مبارك, وهؤلاء يجرمون الان أي مظاهرة ضد الحاكم كما سبق أن أفتوا أن شباب6 ابريل عصاة ومفسدون في العهد السابق. ومن ناحية اخري قال عبود الزمر القيادي في الجماعة الإسلامية إن الواجب الشرعي الآن هو نصرة نظام الحكم القائم ومساندته في تحقيق مشروع النهضة, مشددا علي انه لا يجوز الخروج عليه طالما أنه يعمل لصالح مصر ولم يظهر منه ما يوجب مناهضته. وطالب الدكتور طارق الزمر, المتحدث الرسمي باسم الجماعة, الشعب المصري بدعم الرئيس محمد مرسي, وطاعته في الخير باعتباره ولي أمر, وإذا خرج مرسي عن العقد مع الشعب فالخروج عليه ومعارضته تصبح واجبة لكن بشكل سلمي. واوضح الدكتور محمد رأفت عثمان, عضو مجمع البحوث الإسلامية ومجمع فقهاء الشريعة بأمريكا في تصريحات صحفية إن مبدأ طاعة ولي الأمر في الشريعة الإسلامية ليس مطلقا وإنما تحكمه ضوابط وقواعد عامة منها عدم الخروج علي أحكام الشريعة. من جانبه قال عضو مجمع البحوث الإسلامية الدكتور عبدالمعطي بيومي: إن قول المولي عز وجل وأطيعوا الله وأطيعوا الرسول وأولي الأمر منكم لا يعني الطاعة المطلقة او العمياء للحاكم أو ولي الأمر وإنما هذه الطاعة مقيدة بعدم مخالفة تعاليم وأوامر المولي عز وجل, استنادا للقاعدة الشرعية لاطاعة لمخلوق في معصية الخالق. وكان الشيخ المحلاوي أكد أن انتقاد الرئيس أصبح الآن محرما لأن الشعب هو من اختاره وأصبح يندرج تحت قول الله واطيعوا الله واطيعوا الرسول وأولي الأمر منكم, مشددا علي أن معارضة الرئيس أصبحت محرمة شرعا, وأن طاعته فرض علي كل مسلم مثلها مثل الصلاة.