احتلت جامعة الزقازيق الترتيب رقم 594 عالميا و7 مصريا وفقا لتقرير SCIMAGO INSTITUTIONAL RANKINGS لعام 2016 والمبني على قاعدة بيانات SCOUPS والخاص بتقييم البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالي وعددها 5147. وصرح الدكتور "خالد عبد الباري" رئيس جامعة الزقازيق، أن التقييم يتم على عدد الأبحاث الدولية المنشورة فى مجلات دولية مفهرسة وعدد الإشارات المرجعية لتلك الأبحاث والعديد من العوامل الأخرى التي تقيس كفاءة البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالىي.